Фамилия Щалунов — звонкая и редкая. Её основа — не имя, а прозвище, и понять, каким был человек, получивший его, можно прямо из корня. Слово «щалун» — это диалектный или просторечный вариант слова «шалун». В русских говорах замена «ш» на «щ» встречалась, особенно в северных и восточных регионах. Щалун — это озорник, проказник, непоседа. Прозвище давали не обязательно за плохое поведение: часто так называли бойких, весёлых, неунывающих людей, которые не сидели на месте.

Суффикс -ов указывает на стандартную русскую модель образования фамилий в XVI–XVII веках. Он означает принадлежность: Щалунов — сын Щалуна. То есть отца в семье, скорее всего, звали (или прозывали) Щалуном. Фамилия появилась в крестьянской или посадской среде, где такие «домашние» прозвища были нормой, а затем передавались детям уже как родовое имя.

Интересно, что фамилия Щалунов практически не встречается в классических ономастических справочниках — её нет, например, в словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии». Это говорит о её локальном, возможно, даже единичном происхождении. В отличие от массовой фамилии Шалунов, которая встречается чаще, Щалунов — более редкий вариант, сохранивший именно диалектное произношение. По данным современных открытых баз, основная масса носителей живёт на Урале и в Сибири — в Свердловской, Тюменской областях, что косвенно подтверждает севернорусские корни прозвища.

Есть и другая, менее вероятная версия: что основа — не «щалун», а «щалун» от глагола «щалить» в значении «бередить, трогать, тревожить» (например, рану). Но в таком значении слово не закрепилось как прозвище человека, поэтому основная гипотеза — связь с шалостью — остаётся главной.