Фамилия Щеботинов — редкий пример, когда за основу взято не имя и не профессия, а, скорее всего, прозвище, связанное с физическим действием или звукоподражанием. В её основе лежит глагол «щеботать» или «щебетать», который в русских говорах имел два основных значения: «говорить быстро, без умолку, щебетать» (как птица) и «дробить, мельчить, разбивать на мелкие части» (например, щебень). Слово «щебот» или «щебота» в диалектах означало болтуна, пустомелю, а также могло относиться к человеку, который «щеботит» — то есть колотит, стучит, дробит камень.

Фамилия образована по стандартной русской модели: к основе «Щебот» добавили суффикс принадлежности -ин, а затем — патронимический суффикс -ов. Получается двойная фамилия: сначала Щеботин (сын Щеботы), а затем Щеботинов — внук или потомок Щеботина. Такая цепочка встречается нечасто и указывает на то, что фамилия закрепилась не в первом поколении, а как «внучья» форма, что типично для поздних фамилий крестьянского сословия, особенно в северных и центральных губерниях России.

Географически фамилия Щеботинов тяготеет к Поволжью и Уралу. В метрических книгах XIX века её носители встречаются в Симбирской, Самарской и Пермской губерниях. Это косвенно подтверждает версию о прозвище по занятию: на Урале и в Поволжье было развито камнедробление и добыча щебня для дорожного строительства. «Щебота» мог быть рабочим, который вручную разбивал камни, или владельцем небольшой каменоломни.

Второе, менее очевидное, но лингвистически возможное объяснение — связь с древнерусским словом «щебетъ» (трещина, скол). В таком случае прозвище Щебота давали человеку с дефектом речи, который «щеботал» — то есть говорил с присвистом или шепелявил. Однако эта версия слабее: в письменных источниках фамилия чаще фиксируется в среде ремесленников и крестьян, а не среди людей с физическими недостатками.

В отличие от фамилий на -ищев или -ихин, Щеботинов не имеет уменьшительно-ласкательного оттенка. Суффикс -ин здесь работает строго как притяжательный, указывая на прямого предка по мужской линии. Фамилия не получила широкого распространения и осталась локальной: по данным современных телефонных справочников, большинство Щеботиновых живут в Башкортостане и Оренбургской области.