Фамилия Щелкушин образована по редкой и оттого особенно интересной модели. В ней сочетается основа «щелкуш-» и суффикс притяжательности «-ин», который в русских фамилиях указывает на принадлежность: «чей?» — Щелкушин, то есть сын или потомок Щелкуши. Таких фамилий от прозвищ с суффиксом «-уша» в русском языке немного — они почти всегда несли яркую эмоциональную окраску, часто насмешливую или пренебрежительную.

Прозвище Щелкуша, от которого пошла фамилия, скорее всего, дали человеку с заметной внешностью или повадкой. Щёлкать могли зубами, пальцами, языком, а могло это слово относиться и к болтливому человеку — тому, кто «щёлкает языком» без умолку. В говорах «щелкун» и «щелкуша» означали также пустого болтуна или хвастуна. Есть и другая версия: в некоторых областях «щелкушей» называли человека с крупными, выступающими зубами, которые как бы «щёлкали» при разговоре или еде. Оба объяснения правдоподобны, и оба укладываются в традицию давать прозвища по характерной черте.

Суффикс «-ин» — один из древнейших в русской фамильной системе, он восходит ещё к древнерусским отчествам. Фамилии на «-ин» чаще встречаются на севере и северо-востоке Руси, в Поволжье, но географию конкретно Щелкушиных проследить сложно — фамилия редкая, в дореволюционных справочниках почти не фиксируется. Это говорит о том, что она возникла скорее в крестьянской или мещанской среде, где прозвища закреплялись стихийно, без участия приказных писцов.

Однокоренные фамилии — Щелкунов, Щелканов, Щелкухин — образованы от тех же основ, но с другими суффиксами. Щелкушин стоит особняком: форма на «-уша» придаёт прозвищу оттенок уменьшительности или пренебрежения, что встречается реже, чем стандартное «-ун». Если Щелкунов мог быть просто «щёлкающим» или «болтливым», то Щелкуша — скорее прозвище, данное с лёгкой иронией, возможно, в кругу близких или соседей.

В итоге фамилия Щелкушин происходит от прозвища Щелкуша, которое, вероятнее всего, относилось к говорливому человеку либо к обладателю заметных зубов. Это не фамилия знатного рода и не книжное изобретение — она выросла из живого народного языка, из бытовой наблюдательности, и в этом её ценность как исторического свидетельства.