Фамилия Щелкушкина — женская форма мужской фамилии Щелкушкин. Чтобы понять её происхождение, нужно разобрать прозвище, от которого она образована, — Щелкушка. В основе лежит слово «щелкун» или «щелкушка». В русских говорах так называли человека, который любил пощелкать семечки или орехи, либо того, кто имел привычку щелкать пальцами или языком. Но есть и другая, более конкретная версия: «щелкушкой» или «щелкуном» в некоторых регионах называли бойкого, резкого, суетливого человека — того, кто «щелкает» без умолку или быстро двигается. Таким образом, прозвище могло закрепиться за говорливым, непоседливым или любителем лузгать семечки.

Словообразовательная модель проста: основа «щелкушк-» (от «щелкушка») плюс патронимический суффикс «-ин», который в русских фамилиях указывает на принадлежность: «чей?» — Щелкушкин, то есть сын или потомок Щелкушки. Суффикс «-ин» типичен для фамилий, образованных от слов на -а/-я, что и подтверждается формой «Щелкушка». В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые чаще давали от профессий или имён на согласный, здесь мы имеем дело с прозвищем, описывающим характер или привычку.

Географически фамилия встречается преимущественно в центральных и северных областях России, особенно в Вологодской, Архангельской и Костромской губерниях, где диалектное слово «щелкушка» было в ходу. В этих краях прозвище могло закрепиться за человеком, который славился своей живостью или любовью к семечкам. Стоит отметить, что фамилия сравнительно редкая: по данным современных исследований, носителей Щелкушкиных насчитывается не более нескольких сотен по всей России, что делает её локальной и нераспространённой.

Интересная деталь: в некоторых говорах «щелкушкой» называли также небольшую деревянную игрушку-щелкунчика или даже вид птицы (например, овсянку, которая издает характерный звук). Однако для фамилии более вероятна связь именно с человеческими качествами, а не с предметами или животными, так как прозвища обычно давались по внешним или поведенческим признакам. Таким образом, Щелкушкины — потомки человека, которого в деревне знали как бойкого, шумного или любителя пощелкать.