Фамилия Щелкушкин — редкий образец русской фамилии, образованной от прозвища, которое, скорее всего, относилось к конкретному бытовому действию или поведению. Основа здесь — глагол «щелкать» (или «щелкушка» как имя действия или предмета). Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — сын Щелкушки, то есть человека, которого прозвали за манеру или занятие.

Первая и самая прямая версия — прозвище Щелкушка могли дать тому, кто постоянно что-то щёлкал. В крестьянском быту это мог быть мастер по щёлканию семечек (отсюда же «щелкун» — любитель семечек), либо человек с привычкой нервно щёлкать пальцами или языком. В русских говорах слово «щелкун» также означало болтуна, пустослова — того, кто «щёлкает языком» без дела. Такое прозвище легко прилипало к говорливому или суетливому человеку.

Менее очевидный, но правдоподобный вариант — связь с ремеслом. В словаре Даля «щелкушка» — это не только орех, но и инструмент для щёлканья, например, трещотка или хлопушка. Прозвище мог получить изготовитель таких предметов, либо человек, работавший с трещотками (например, ночной сторож, который шумом отпугивал воров). В этом случае фамилия оказывается профессиональной, хоть и косвенно.

Географически фамилия Щелкушкин встречается рассеянно, без явного гнезда. По данным переписей, носители фиксировались в центральных губерниях (Тверская, Московская) и на Урале, что типично для фамилий, возникших из прозвищ, а не из канонических имён. В отличие, скажем, от фамилии Щелкунов (с суффиксом -ов), форма на -ин подчёркивает, что прозвище исходно было женского рода — «Щелкушка», но носителем его был мужчина. Такая модель (прозвище на -ка) в русской ономастике не редкость: она подчёркивает скорее насмешливый или уменьшительный оттенок.

Таким образом, предок современных Щелкушкиных — скорее всего, не герой и не знатный человек, а просто деревенский житель с заметной привычкой или занятием, за которым закрепилось прозвище. Фамилия не документирована в родословных книгах дворянства, что указывает на её крестьянское или мещанское происхождение.