Фамилия Щепинин — редкий пример того, как в основе фамилии может лежать слово, означающее неодушевлённый предмет, но при этом указывающее на профессию предка. Модель образования проста: к основе «Щепин-» добавили суффикс -ин, который в русских фамилиях указывает на принадлежность: «чей?» — Щепинин, то есть потомок Щепины, а тот — сын или человек Щепы.

Ключ к расшифровке — слово «щепа» (или «щепка»). В древнерусском языке «щепа» означала не только мелкий осколок дерева, но и могла быть прозвищем. Скорее всего, Щепой называли худого, щуплого человека — «щепка» как метафора худобы. Но есть и более конкретная версия: прозвище могли дать ремесленнику, работавшему с деревом — щепнику, то есть тому, кто колол лучину, делал дранку или мелкие деревянные изделия. В этом случае фамилия Щепинин — профессиональная, как Плотников или Столяров.

В исторических документах встречаются однокоренные фамилии: Щепин, Щепкин, Щепин-Ростовский (княжеский род, где прозвище могло быть связано с особенностью внешности или характера). Щепинин — более редкая форма, образованная по той же модели, что и, например, Гагарин от Гагара. Суффикс -ин здесь не отличительный, а патронимический, что указывает на то, что фамилия сложилась в среде, где было принято называть по отцу: Щепина — сын Щепы.

Географически фамилия тяготеет к северным и центральным регионам России — там, где было развито щепное ремесло и где в говорах слово «щепа» бытовало активнее. Встречается она нечасто, что делает её любопытным объектом для генеалогического поиска: предки Щепининых почти наверняка были либо плотниками, либо людьми с характерной внешностью — худощавыми и сухопарыми.