Фамилия Щеплинцев образована по одной из самых распространенных в русской ономастике моделей — через суффикс -ев- от прозвища или имени, оканчивающегося на мягкий согласный. В данном случае основа — Щеплинец. Суффикс -ец указывает на принадлежность к месту: так называли человека, прибывшего откуда-то. Следовательно, Щеплинец — это выходец из населенного пункта с названием вроде Щеплино, Щепля или Щепли. Такие топонимы могли быть связаны с занятием жителей щепой, то есть производством деревянной щепы или лучин, либо с особенностью местности (щепкая, то есть хрупкая или колкая почва). В русских говорах слово «щепа» означало не только мелкую древесину, но и лучинку для растопки, а также могло быть прозвищем худого, щуплого человека.

Суффикс -инцев, встречающийся в фамилии (Щеплинцев, а не Щеплинев), — редкий и сложный. Он возник в результате слияния двух суффиксов: сначала прозвище Щеплинец дало форму Щеплинцев, где -ин- — часть исходного слова, а -ев- — патронимический суффикс. Такая конструкция типична для фамилий, образованных от прозвищ на -ец: например, Кузнецов (от кузнец), Плотников (от плотник). В случае Щеплинцева исходное прозвище «Щеплинец» само по себе было оттопонимическим: так звали человека из Щеплей или Щеплино.

Географически фамилия тяготеет к центральным и южным регионам России. В архивных записях XIX века Щеплинцевы встречаются в Курской, Орловской и Воронежской губерниях — областях, где было развито лесное хозяйство и ремесла, связанные с деревом. Это косвенно подтверждает версию о происхождении от щепного промысла: предки могли быть щепенниками — мастерами по изготовлению щепы для кровли, лучин или мелких деревянных изделий.

Версия о связи с личным именем Щепля (уменьшительное от Щепан — чешская или польская форма Степана) менее вероятна, так как фамилия имеет явные следы топонимического суффикса -ец, а не уменьшительного -я. Спорной можно считать и гипотезу о происхождении от слова «щепливый» (обидчивый, придирчивый) — она не подтверждается фонетикой: в таком случае основа была бы Щеплив- и дала бы фамилию Щепливцев. Таким образом, самая обоснованная версия — прозвище по месту жительства или роду занятий, связанному с деревом.