Фамилия Щепонникова — женская форма фамилии Щепонников, а та, в свою очередь, образована от прозвища или ремесленного названия Щепонник. Как и в случае с более известной фамилией Щепкин, корень здесь — «щепа» (щепка, мелкая стружка, отходы дерева). Однако суффикс -ник указывает не на свойство человека (как в Щепкин — «тот, кто похож на щепку», то есть худой), а на род занятий. Щепонником в северных и центральных губерниях России называли мастера, который изготовлял щепные изделия: деревянные ложки, миски, ковши, лопаты. Это был не просто столяр или плотник, а узкий специалист по мелкой деревянной посуде, ремесло довольно распространённое в лесных регионах.

Слово «щепонник» (с буквой «о» в корне — результат исторического чередования е/о после шипящего) фиксируется в диалектных словарях XIX века. В отличие от фамилии Щепкин, которая встречается повсеместно и часто имеет прозвищное происхождение, Щепонников — фамилия более редкая и однозначно профессиональная. Её носители, скорее всего, происходят из семей потомственных ремесленников, работавших с деревом в Архангельской, Вологодской, Вятской или Новгородской губерниях.

Фамилия образована по стандартной патронимической модели: к основе «Щепонник» добавился суффикс принадлежности -ов, который в женском роде превращается в -ова. То есть буквально Щепонниковы — это «дети Щепонника». Встречается также вариант написания с одной «н» — Щепонников, но это скорее результат упрощения на письме, чем самостоятельная ветвь. Если ваш предок носил эту фамилию, можно с высокой вероятностью утверждать, что он был мастеровым человеком, чей труд был востребован в эпоху, когда деревянная утварь заменяла пластик и металл.