Фамилия Щепеникова — женская форма мужской фамилии Щепеников. В основе лежит прозвище или нецерковное имя Щепень. В русских говорах слово «щепень» имело несколько значений: щепка, лучина, а также — в переносном смысле — худой, щуплый человек. Не исключено, что прозвище дали мастеру, работавшему со щепой, например, тому, кто колол лучину для освещения или делал щепные изделия (корзины, плетни). В словаре Владимира Даля «щепень» — это ещё и «заноза», что могло указывать на колкий, неуживчивый характер.

Словообразовательная модель типична для русских фамилий: суффикс -ов-/-ев- присоединялся к основе, указывая на принадлежность («чей?»). Щепеников — буквально «сын Щепеня». Окончание -а в женской форме — стандартный грамматический показатель рода.

В отличие от более распространённых фамилий вроде Щепкин (от «щепка»), форма Щепеников встречается заметно реже. Она могла закрепиться в северных и центральных губерниях России, где был развит промысел по заготовке лучины и щепы. Встречаются варианты написания с одной «н» — Щепеникова, но это, скорее, результат орфографической ошибки при записи.

Сословная принадлежность носителей фамилии неоднородна. В документах XVIII–XIX веков Щепениковы фигурируют и как крестьяне, и как мещане. Редкая фамилия не даёт оснований для построения громких генеалогических гипотез: её носители, вероятнее всего, были людьми «простого звания», чьё прозвище уходило корнями в бытовую или ремесленную сферу.