Фамилия Щепеников — один из тех случаев, когда корень слова говорит о роде занятий предка гораздо громче, чем суффикс. Основа здесь — «щепен» или «щепень». В старых русских говорах «щепень» означало щепку, осколок, лучинку, а также могло относиться к человеку: так называли худого, щуплого, «щепетильного» (в старом значении — мелочного, придирчивого) мужчину. Однако самая вероятная версия — профессиональная.

Слово «щепенить» в диалектах значило «колоть, расщеплять, делать щепу». Отсюда прямая дорога к ремеслу: Щепеников — потомок человека, который либо заготавливал дрова и лучину (древнейшее занятие), либо, что точнее, работал с деревом как щепенник — мастер по изготовлению мелких деревянных изделий: ложек, ковшей, игрушек, посуды. В русских промыслах «щепенниками» называли резчиков по дереву, в отличие от плотников или столяров. Фамилия, таким образом, принадлежит к группе «ремесленных» именований, как Столяров, Бондарев, Кожевников.

Суффикс -иков указывает на патронимическую модель: сначала было прозвище Щепеник (человек, связанный со щепой), затем его сын стал Щепениковым. Форма на -иков менее распространена, чем -ов или -ин, и характерна для фамилий, образованных от слов с суффиксом -ик (ср. Болдырев — от Болдырь, но Зайчиков — от Зайчик). Это придаёт фамилии оттенок «уменьшительности» исходного прозвища, хотя по сути Щепеник — полноценное именование мастера.

В ономастических справочниках фамилия нечастая. Словарь Б. Унбегауна не выделяет её отдельно, но модель полностью вписывается в его классификацию русских фамилий от названий профессий. Географически корень «щеп» чаще встречается в северных и центральных русских говорах, где было развито щепное ремесло (Архангельская, Вологодская, Новгородская губернии). В некоторых регионах слово «щепеник» могло означать не только ремесленника, но и скупого, прижимистого человека — от «щепить» в смысле «скупиться». Но эта версия менее убедительна, так как прозвища по характеру обычно образовывались от более ярких черт.

Редкость фамилии Щепеников объясняется узкой специализацией исходного ремесла: щепенников было меньше, чем плотников, поэтому и фамилия не разошлась широко. Однако её носители могут с уверенностью считать, что их предки были мастерами по дереву — не просто рубили избы, а создавали вещи, которые держали в руках каждый день.