Фамилия Щербула — редкий случай, когда в основе лежит не имя и не профессия, а прозвище, образованное от двух тюркских корней. Если разложить её на составляющие, первая часть «щерб» восходит к тюркскому «шербет» или «шербетли» — сладкий напиток, сироп. Вторая часть «була» может означать «будь» или «стань» (повелительное наклонение от глагола «быть»). В буквальном прочтении Щербула — «будь сладким» или «будь щербетом». Такие составные прозвища с глаголом во второй части характерны для тюркских языков: они могли даваться как пожелание, шутливое обращение или характеристика человека.

Словообразовательная модель фамилии нетипична для русского языка. В ней нет привычных суффиксов -ов, -ин или -ский, которые указывают на принадлежность («чей?»). Окончание -а — это, скорее всего, русифицированная форма тюркского имени, закрепившаяся в документах. Фамилия могла остаться в неизменном виде при переходе из татарского, башкирского или ногайского языков, где личные имена с компонентом «була» (Булат, Тукбулат) встречаются часто.

Географически фамилия тяготеет к югу России и Поволжью — регионам, где веками шло смешение славянского и тюркского населения. Встречается она и на Кубани, и в Ставрополье, и в Астраханской области. Носители Щербула, скорее всего, потомки служилых татар, казаков или крестьян, получивших прозвище от соседей за сладкозвучный голос, приветливый нрав или любовь к сладостям. Второй вариант — прозвище могли дать торговцу щербетом, хотя такая версия менее вероятна из-за глагольной формы.

В русском языке фамилия сохранила ударение на последний слог — Щербула́, что тоже выдает её нерусское происхождение. При склонении она ведет себя как существительное женского рода, хотя носителем может быть и мужчина. Встречаются варианты написания с буквой «щ» в начале — это кириллическая передача тюркского «ш», которая закрепилась в документах XIX века.

Споров вокруг этимологии почти нет: все исследователи сходятся на тюркской основе. Единственное разногласие — считать ли «щерб» прямым заимствованием из арабского (шарба — напиток) или местным диалектным словом. Правдоподобнее первое, так как слово «шербет» пришло в тюркские языки именно через арабский, а затем попало в русские говоры.