Фамилия Щербун — редкий случай, когда прозвище сохранилось почти без изменений, без типичных фамильных суффиксов. В ней нет окончаний -ов, -ин или -ский, которые превращают прозвище в фамилию. Перед нами чистая основа, застывшая форма, что указывает на её относительно позднее оформление или украинское/белорусское происхождение, где такие бессуффиксные фамилии встречаются чаще.

Корень «щерб» родственен слову «щербина» — зазубрина, выбоина, неровность. В старых говорах «щерба» означала не только ущерб, но и уху, похлёбку (сравните с «щербатый» — тот, у кого не хватает зубов). Отсюда два возможных пути: либо прозвище Щербун дали человеку с заметным дефектом — выбитым зубом, шрамом, кривизной, — либо, что менее вероятно, любителю или изготовителю щербы (рыбного супа). Первая версия убедительнее: прозвища по внешним приметам в русской ономастике — один из самых частых источников.

Суффикс -ун придаёт слову оттенок активного носителя признака. В русском языке он образует существительные от глаголов (бегун, крикун, ворчун) и от прилагательных (горбун). Щербун буквально — «тот, кто щербат», носитель щербины. Такая модель типична для прозвищ, которые закреплялись за одним человеком в деревне как его единственное именование.

Встречаемость фамилии крайне низкая. Основной ареал — юго-западные регионы бывшей Российской империи: современные Украина, Белоруссия, а также южные области России. В переписных книгах и ревизских сказках XVIII–XIX веков фамилия почти не фиксируется — это говорит о том, что она могла возникнуть в среде крестьян или казаков, где фамилии долго оставались подвижными и неофициальными. В советское время носители Щербун рассеялись по стране, но концентрация остаётся в Черниговской, Сумской и Брянской областях.

Сравнение с однокоренными фамилиями помогает понять разницу. Щербаков — самая массовая форма, образованная от прозвища Щербак через патронимический суффикс -ов. Щербин — от прозвища Щерба (женское или мужское на -а). Щербун стоит особняком: он сохранил архаичную модель, не переработанную канцелярией XIX века. Если вы носите эту фамилию, ваши предки, скорее всего, жили на юго-западе и получили прозвище из-за внешней приметы, которая была настолько заметна, что стала фамильным именем.