Фамилия Щербунов образована от прозвища Щербун, которое восходит к нарицательному «щерба». В более широком смысле слово «щерба» означает «трещина, изянец; зазубринка, царапина, засечка, знак от какой-либо порчи». Вероятно, именование Щербун получил человек, лишенный одного или нескольких передних зубов, или перенесший оспу. Однако нельзя исключить, что в основу именования Щербун легло слово «щерба» в значении «уха из мелкой, начищенной рыбы». Так и прозвище Щербун закрепилось за человеком в качестве наиболее употребительного именования, а со временем легло в основу фамилии Щербунов.