Фамилия Щетитин — один из редких случаев, когда написание расходится с более привычным «Щетинин». Разница в одну букву меняет историю фамилии. Если Щетинин почти всегда восходит к прозвищу Щетина (человек с жёсткими, торчащими волосами или колючий по характеру), то у Щетитина другая основа.

Вероятнее всего, фамилия образована от прозвища Щетита. Суффикс «-ит» в русских прозвищах встречается нечасто, но встречается: он мог указывать на носителя качества или на обладателя предмета. Щетита — человек, которого «щетинит», то есть раздражает, злит, или же тот, кто сам постоянно «ощетинивается», проявляет несговорчивость. В говорах слово «щетить» означало «беречь, скупиться» или «злиться, сердиться». Щетитой могли назвать сварливого, неуживчивого человека либо, наоборот, того, кто всё время чего-то опасается и держится настороже.

По модели образования фамилия типична для северных и центральных областей России: основа на -а, затем суффикс принадлежности -ин (чей? — Щетитин). В документах XVII–XVIII веков встречаются крестьяне и посадские люди с фамилией Щетитин, но в основном в Вологодской и Архангельской губерниях. Там же фиксируется и вариант Щетинин — как более распространённый, под влиянием слова «щетина».

Стоит учесть, что в старых записях буквы «и» и «ы» могли путать, а фамилию могли записать на слух. Поэтому часть современных Щетитиных — на самом деле потомки Щетининых, у которых в паспорт или метрику попала описка. Но если фамилия устойчиво передавалась именно как Щетитин, это указывает на редкую прозвищную форму, которая не смешалась с «щетиной».