Фамилия Щиботина — женская форма мужской фамилии Щиботин. В её основе лежит прозвище Щибота, которое, скорее всего, было связано с внешностью или манерой поведения человека. Слово «щибота» в русских говорах имело значение «щека», «скула», а в некоторых регионах — «задира», «забияка» (от глагола «щибать» — бить, хлестать). Таким образом, Щиботой могли прозвать либо человека с приметными скулами или щеками, либо драчуна и буяна.

Модель образования фамилии — суффиксальная: к основе Щибот- добавился типичный русский суффикс принадлежности -ин, указывающий на родство: «чей?» — Щиботин, то есть сын или потомок Щиботы. Такая модель характерна для северных и центральных областей России, где фамилии на -ин так же распространены, как и на -ов/-ев.

Географически фамилия Щиботина редкая. По данным современных справочников, она встречается в основном в Поволжье и на Урале, в частности в Пермском крае и Кировской области. Это косвенно подтверждает диалектное происхождение прозвища: «щибота» как «щека» фиксируется именно в севернорусских и уральских говорах.

Встречается и альтернативная версия: связь с тюркским корнем, где «щиб» мог означать «острый» или «колющий». Однако она менее правдоподобна, так как слово «щибота» имеет прозрачную славянскую этимологию и параллели в других славянских языках (например, украинское «щибати» — хлестать). Поэтому версия о происхождении от русского прозвища выглядит убедительнее.

В истории фамилия не получила широкой известности: в дореволюционных справочниках дворянских родов и известных купеческих династий Щиботины не значатся. Это указывает на крестьянское или мещанское происхождение. Носители фамилии, вероятно, были людьми простого сословия, получившими фамилию по уличному прозвищу предка.