Основой фамилии Щилкин послужило мирское имя Шилка. Фамилия Щилкин является фонетическим вариантом фамилии Шилкин. В свою очередь, фамилия Шилкин образована от мирское имени Шилка. Оно берет начало от нарицательного «шило» - «шило, игла, жало, острие тычком». Возможно также, что фамилия Шилкин происходит от прозвища Шилка, которое имеет ту же этимологию, что и имя. Скорее всего, именование Шилка относится к профессиональным и указывает на род занятий его обладателя. Так могли назвать швеца. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Шилка, со временем получил фамилию Щилкин.