Фамилия Щипоников образована от прозвища Щипоник, которое происходит от глагола «щипать» - «теребить, дергать, рвать, захватывая прямо пальцами, зубами, клювом, или каким орудием, щемить и отрывать». Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Щипоник, со временем получил фамилию Щипоников.