Фамилия Щипун образована от аналогичного прозвища, которое происходит от глагола «щипать» - «теребить, дергать, рвать, захватывая прямо пальцами, зубами, клювом, или каким орудием, щемить и отрывать». Кроме того, Щипунами нередко нарекали людей, занимающихся сбором налогов. Однако, не исключено, что прозвище Щипун получил игривый, веселый, шутливый человек, который любил пощипывать людей. В этом случае оно указывало на характер предка. Одно из первых упоминаний родственных именований относится ко второй половине XVI века: в «Ономастиконе» С. Веселовского записан Щипунов Аминь, царский конюх, 1573 г.