Фамилия Щкурин — редкий случай, где написание подсказывает разгадку быстрее, чем звучание. Буквосочетание «щк» в корне почти всегда указывает на чередование с «ск»: щкурить — то же, что шкурить, то есть скоблить, драть, сдирать кору или кожу. В старорусских диалектах глагол «щкурить» (или «шкурить») означал «сдирать шкуру», «обдирать», «чистить». Отсюда прямое прозвище Щкура — человек, который занимался выделкой кож, либо, в переносном смысле, скупой, «обдирающий» других.

Основа фамилии — прозвище Щкура (или Шкура). Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Щкурин, то есть сын или потомок Щкуры. Такая модель типична для русских фамилий, образованных от прозвищ на -а/-я. Встречаются и варианты написания через «ш» — Шкурин, но форма с «щ» фиксирует диалектное произношение, характерное для северных и северо-восточных говоров, где «ш» перед согласными могло смягчаться и переходить в «щ» (ср. «щука» — от общеславянского *ščuka).

Связь с кожевенным ремеслом — самая вероятная версия. Предок-Щкура мог быть скорняком, кожемякой или сапожником, но не стоит исключать и бытовое прозвище за внешность или характер. В словаре Веселовского «Ономастикон» зафиксирована фамилия Шкурин с тем же корнем, а «щкающая» форма встречается реже и географически привязана к северным уездам. Фамилия недворянская, крестьянская или посадская, что подтверждается отсутствием в родословных книгах.

Итак, Щкурин — человек из рода Щкуры, скорее всего, кожевника или человека с цепким, «обдирательным» нравом. Редкое написание с «щ» — не ошибка, а живая диалектная черта, сохранившаяся в фамилии.