Фамилия Щщепотин — редкий случай, где написание почти наверняка искажено. Скорее всего, перед нами не оригинальная форма, а результат опечатки или ошибки переписчика, и правильное чтение — Щепотин. Двойная «щ» в начале слова нетипична для русских фамилий и явно возникла при слиянии букв в скорописи или из-за неверного распознавания почерка. Поэтому разумно рассматривать Щепотина как исходный вариант.

Основа фамилии — прозвище Щепота. В русских говорах «щепота» означала щепетильность, мелочную обидчивость, а также могла относиться к человеку, который «щеплется» — ссорится по пустякам. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Щепотин — сын Щепоты, то есть потомок человека с таким прозвищем. Модель образования типична для северных и центральных областей России, где фамилии на -ин особенно распространены.

Есть и вторая, менее вероятная версия. В некоторых диалектах «щепоть» — это щепотка, и прозвище Щепота мог получить тот, кто отмерял товар щепотками (например, торговец солью или табаком). Однако первая трактовка — через характер — встречается в ономастике чаще и логичнее объясняет появление фамилии.

Фамилия Щепотин (и её искажённый вариант Щщепотин) не относится к числу распространённых. В дореволюционных источниках она встречается в основном в южнорусских регионах, в частности в Тульской и Рязанской губерниях, что подтверждает её прозвищное происхождение — там «щепота» в значении «обидчивость» была в ходу. Носители такой фамилии, скорее всего, происходили из крестьянской или мещанской среды, где прозвища давали по заметным чертам поведения.

Если ваша фамилия пишется именно как Щщепотин, стоит заглянуть в архивные записи — скорее всего, в метрических книгах или ревизских сказках вы найдёте вариант с одной «щ». Это не ошибка предков, а обычная путаница при переписывании.