Фамилия Шеболкова — женская форма, а её основа мужская — Шеболков. Сразу бросается в глаза суффикс -ов, который в русских фамилиях указывает на принадлежность: Шеболков буквально значит «сын Шеболка» или «человек из рода Шеболка». Само прозвище Шеболок — явно производное от глагола «шеболить», то есть «шевелить, ворошить, шуршать» или «говорить быстро и невнятно, тараторить». В северных и сибирских говорах «шебола» — это хлопотун, непоседа, либо болтун, пустомеля. Человек, получивший такое прозвище, скорее всего, отличался суетливостью, быстрой речью или привычкой постоянно что-то перекладывать, «шебуршать» по хозяйству.

Модель образования простая и типичная для XVI–XVII веков: прозвище на -ок (Шебел → Шеболок, с чередованием гласных) плюс притяжательный суффикс -ов. Ударение, судя по произносительной норме, падает на второй слог: Шебо́лков. Фамилия довольно редкая, её географическое ядро, по данным современных справочников, — центральные и северные области России, особенно Вологодчина и Архангельская губерния, где диалектное слово «шебола» бытовало активно.

Сравните с однокоренными фамилиями: Шебалин (от «шебала» — тот же корень), Шевелёв (от «шевелить»), Шуршалов. Все они описывают поведение или звуки, а не внешность или профессию. В отличие, скажем, от Кузнецова или Попова, в основе Шеболкова лежит не занятие, а характер — динамичный, подвижный, возможно, с оттенком суетливости. Сословной привязки у фамилии нет: прозвище давали и крестьянам, и посадским людям, и даже мелким служилым, если те проявляли излишнюю бойкость. В дореволюционных метрических книгах Шеболковы чаще всего значатся государственными крестьянами или мещанами.

В написании возможна путаница: из-за аканья фамилию могли записать как Шаболков, но исходная форма именно через Е — от «шеболить». Встречается и вариант Шеболков — с одним Б, но он менее распространён. Двойное Б в современном написании закрепилось под влиянием фамилий на -ков, где основа оканчивается на губной согласный: сравните Бобков, Грабков.