Фамилия Шеболкина — женская форма, в основе которой лежит мужская фамилия Шеболкин. Её ядро — прозвище или нецерковное имя Шеболка. В русских говорах слово «шеболка» имеет два основных значения: «болтун, пустослов» (от глагола «шеболтать» — болтать, тараторить) и «тряпка, ветошка, лохмотья». Скорее всего, прозвище относилось к человеку говорливому, суетливому, либо, по второй версии, к тому, кто ходил в рваной одежде или занимался сбором тряпья. Модель образования проста: суффикс -ин (в форме Шеболкин) указывает на принадлежность — «сын Шеболки», «из рода Шеболки».

Фамилия фиксируется в основном в центральных и северных регионах России, особенно в Вятской губернии (ныне Кировская область) и на Урале. В переписных книгах XVII–XVIII веков встречаются крестьяне и посадские люди с такой фамилией. Важная деталь: в архангельских говорах «шеболка» также означала «небольшая рыболовная сеть», что добавляет возможную профессиональную версию для предка-рыбака. Однако это значение менее распространено, и основным остаётся прозвищное, связанное с характером или внешностью.

Сравнение с однокоренными фамилиями (Шебалин, Шебанов, Шеболдаев) показывает, что все они образованы от вариантов одного корня с чередованием согласных и гласных. В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» подобные модели разбираются как типичные для прозвищ, данных по внутреннему качеству человека. Таким образом, Шеболкина — фамилия, которая прямо указывает на прозвище предка, скорее всего, не слишком серьёзного или опрятного человека, но в крестьянской среде такие имена давались без обидного оттенка — как бытовая характеристика.