Фамилия Шеболкин образована от прозвища Шеболка — так в северных и центральных говорах называли болтуна, пустомелю, человека, который говорит много и без толку. Глагол «шеболить» или «шеболать» означал «болтать, тараторить, молоть вздор». В словаре Владимира Даля «шеболда» — это «пустомеля, врун, беспокойный человек». Прямое значение корня — не столько злонамеренное, сколько характеризующее: болтливый, суетливый, неугомонный. В отличие от фамилий с корнем «болт-» (Болтунов, Болтушкин), у Шеболкина более узкая диалектная окраска — слово почти не встречается за пределами северо-западных и вологодских земель.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Шеболкин — «сын Шеболки». Это типичная модель для фамилий, образованных от прозвищ на -а, -я (ср. Балакин, Верзилин). Ударение в фамилии, скорее всего, падает на второй слог — Шеболкин, хотя в диалектах возможно колебание. Написание с буквой «ё» в корне (Шёболкин) встречается реже, но тоже фиксируется в документах XIX века, что подтверждает связь с глаголом «шеболить» (через «ё» в произношении).

Географически фамилия Шеболкин наиболее плотно представлена в Вологодской и Архангельской областях, а также в Кировской области. В переписях XVII–XVIII веков носители прозвища Шеболка отмечены среди крестьян Устюжского уезда. Выходцы из этих мест, переселяясь в Сибирь и на Урал, разнесли фамилию дальше — сегодня Шеболкины встречаются в Томской и Иркутской областях.

Существует и редкая версия, связывающая основу с тюркским словом «шебек» (ночной мотылёк), но она не выдерживает критики: фамилия не имеет восточных суффиксов и не фиксируется в тюркоязычных регионах. Единственная правдоподобная этимология — славянская, от глагола со значением «болтать». Таким образом, первый носитель фамилии Шеболкин был, по всей видимости, человеком говорливым, любителем поболтать — прозвище дали ему соседи или односельчане, и оно закрепилось за родом.