Фамилия Шебонкин — одна из тех, чья основа вызывает споры, но почти наверняка связана с прозвищем или диалектным словом. В ней отчетливо выделяется суффикс -ин, указывающий на принадлежность: Шебонкин буквально значит «сын Шебо́нки» или «человек из семьи Шебо́нки». Суффикс -ин в русских фамилиях обычно присоединялся к основам на -а/-я, так что исходное прозвище звучало как Шебонка.

Корень «шеб-» в русских говорах имеет несколько значений. В северных и сибирских диалектах «шебо́нить» означает «шуметь, возиться, суетиться», а «шебо́н» — это беспокойный человек, егоза. Вполне вероятно, что Шебонкой прозвали непоседливого, шумного человека. С другой стороны, в рязанских и тульских говорах «шебо́н» или «шебо́нок» — это небольшой кожаный кошель, кисет. Тогда прозвище могло относиться к мастеру, который шил такие кошельки, или к человеку, который всегда носил при себе мешочек. Третья версия, менее вероятная, но возможная: искаженное тюркское имя или прозвище, где корень «шеб» (например, от «шебеке» — сеть, решетка) могло быть переосмыслено на русской почве.

Фамилия редкая. По переписям и справочникам, основные очаги Шебонкиных — центральные области России (Тверская, Смоленская, Московская) и Поволжье. Встречаемость низкая, что говорит о локальном происхождении: скорее всего, фамилия возникла в одном-двух селах и распространилась с переселенцами. В дворянских родословных книгах Шебонкины не значатся, это крестьянская или мещанская фамилия, образованная от уличного прозвища.

Сравнение с однокоренными фамилиями (Шебанов, Шебунин, Шебалин) показывает, что все они образованы от разных вариантов одного корня. Шебонкин стоит ближе к «шебонить» и «шебон», чем к «шебала» (болтун, пустомеля). Наиболее правдоподобная версия — прозвище Шебонка получил суетливый, непоседливый человек, и это значение сохранилось в фамилии без изменений.