Фамилия Шефатов образована по одной из самых распространённых в русской ономастике моделей — с помощью суффикса -ов, который указывает на принадлежность: «чей?» — Шефатов, то есть сын или потомок человека по прозвищу Шефат. Основа фамилии — прозвище Шефат, которое, скорее всего, восходит к тюркскому слову «шефат» (شفاعت) — «заступничество», «ходатайство». В русских говорах и документах XVI–XVII веков это слово фиксировалось в значении «защита, покровительство», нередко с оттенком «влиятельный покровитель» или «заступник». Таким образом, Шефатом могли прозвать человека, который брался ходатайствовать за других, был посредником или защитником в каких-то делах — возможно, приказного, толмача или просто авторитетного сельского жителя.

Менее вероятна, но не исключена связь с арабским именем Шафиат (شفيع — «заступник»), которое через тюркское посредство могло попасть в русскую среду, особенно в районах активных контактов с татарами или народами Кавказа. В этом случае Шефат — это усечённая форма личного имени, а фамилия указывает на происхождение от его носителя.

Географически фамилия Шефатов встречается в основном в центральных и южных регионах России, а также в Поволжье — что косвенно подтверждает её вероятное тюркское происхождение. Встречается она нечасто, что говорит о локальном бытовании прозвища. Интересно, что в некоторых документах XIX века фиксируется вариант написания «Шафатов» — с буквой «а» в корне, что отражает колебания в произношении и записи тюркских заимствований.

В сословном плане Шефатовы, скорее всего, относились к крестьянам или однодворцам, но не исключено и происхождение из служилых людей «по прибору» — стрельцов, казаков или толмачей, для которых знание языков и умение ходатайствовать было частью службы. Сравните с фамилиями Шефанов, Шефов, имеющими ту же основу, но с разными суффиксами — все они указывают на одно и то же прозвище, но в разных ветвях рода.