Фамилия Шегенова образована от мужского имени Шеген — а это, скорее всего, тюркское прозвище или имя, восходящее к слову «шеген» (в некоторых тюркских языках — «сильный», «могучий» или «богатырь»). Основной ареал фамилии — Казахстан, Кыргызстан, Башкортостан и Татарстан, где такие имена были распространены среди кочевых и полукочевых народов. Встречается она и на юге России, в Оренбургской, Астраханской областях — в местах, где исторически жили казахи, ногайцы или татары.

Словообразовательная модель проста: к основе Шеген добавили русский патронимический суффикс -ов, а затем — женское окончание -а. Традиционно носительница фамилии Шегенова — женщина, а её отец или муж носил фамилию Шегенов. В русской ономастике такие фамилии фиксировались с XVII–XVIII веков, когда крещёные или служилые представители тюркских народов получали фамилии по отцу.

Есть и менее вероятная версия: что Шеген — вариант имени Шейх (араб. «старейшина»), адаптированный под тюркское произношение. Но она слабая, так как форма «шеген» в тюркских языках чаще связана с эпитетом «сильный» или «здоровый», чем с религиозным титулом. В любом случае, предок носительницы фамилии был, скорее всего, человеком заметной физической силы или влияния — именно такие прозвища давали родоначальникам.

Фамилия редкая: в современных базах данных её носительниц насчитывается не более нескольких сотен, в основном в Казахстане и прилегающих регионах России. Встречаются варианты написания — Шегенова, реже Шегенова (с ударением на второй слог), но это особенность местного произношения, не меняющая происхождения.