Фамилия Шеген — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. В отличие от фамилий на -ов или -ин, которые образуются от отчества, Шеген не имеет привычного русского суффикса, что сразу указывает на её нерусские корни. Скорее всего, это фамилия тюркского или кавказского происхождения, где слово «шеген» может означать «радость», «веселье» или быть вариантом имени Шеген (например, у казахов или народов Дагестана). В тюркских языках корень «шек» или «шег» нередко связан с понятием «терпение», «выносливость», но в данном случае более вероятно, что фамилия происходит от личного имени Шеген, которое давали ребёнку как пожелание счастливой жизни.

Географически фамилия Шеген встречается в основном на Северном Кавказе (особенно в Кабардино-Балкарии и Карачаево-Черкесии), а также в Казахстане и у татар. В русской традиции такие фамилии часто фиксировались при переписях или записях в метрических книгах, когда носитель имени Шеген становился главой семьи, и его потомки получали фамилию без изменений — то есть по принципу «деда по имени». Это отличает Шеген от фамилий, образованных от профессий: здесь основа — личное имя, а не род занятий.

Интересная деталь: фамилия Шеген почти не имеет вариантов написания — она устойчива, что говорит о её относительно поздней фиксации в документах (XIX — начало XX века). Если бы фамилия была древнерусской, она бы обросла суффиксами вроде -ов или -ев, но её «голая» форма — признак того, что она вошла в русский язык как заимствование. Встречаются единичные случаи, когда фамилию записывали как «Шегень» (с мягким знаком), но это скорее ошибка писаря, чем самостоятельная ветвь.

Сословная принадлежность носителей фамилии Шеген, судя по доступным данным, была разнородной: среди них встречались и крестьяне, и казаки, и горские уздени (свободные общинники). Никакой «аристократической» версии у этой фамилии нет, но и унизительного прозвищного следа тоже — имя Шеген не несёт негативного смысла ни в одном из предполагаемых языков.