Фамилия Шегер — редкая в русской среде, и её происхождение неочевидно. Скорее всего, перед нами не исконно русская фамилия, а результат адаптации немецкой или еврейской фамилии на славянской почве. В основе лежит немецкое слово Scheger, которое могло быть либо прозвищем, либо топонимическим указанием. В немецких диалектах Scheger — это вариант слова Schächer (разбойник, злодей), но такое прямое значение в фамилиях встречается редко. Куда вероятнее, что фамилия образована от названия местности: например, от баварского или австрийского топонима Scheg или Schegg, где суффикс -er традиционно указывает на выходца оттуда («тот, кто из Шега»). В этом случае Шегер — типичная немецкая фамилия-указатель на родину предка.

Второй пласт — еврейское происхождение. У ашкеназских евреев фамилия Шегер (иногда Шеггер) могла возникнуть от идишского sheger (ложь, обман) или как сокращение от фамилии Шехтер (резник по кашруту). Но здесь важно не перепутать с фамилией Шегерев, которая точно имеет тюркские корни (от слова «шегер» — город, крепость). Для чистой формы Шегер версия с немецким топонимом выглядит убедительнее: она проще и объясняет, почему фамилия не получила типичного русского суффикса -ов или -ин.

В России носители фамилии Шегер встречаются в основном в Поволжье и на юге страны, что косвенно подтверждает гипотезу о немецких колонистах XVIII–XIX веков. Многие немцы, приглашённые Екатериной II, оседали в Саратовской, Самарской и Волгоградской губерниях, и их фамилии сохранились без изменений. Если ваш предок был Шегером, он почти наверняка был либо немецким переселенцем-земледельцем, либо городским ремесленником из Австрии или Баварии. Еврейская же ветвь могла появиться в черте оседлости, но таких документальных свидетельств меньше.

Словообразовательно фамилия проста: корень шег- и суффикс деятеля -ер. В русском языке она осталась без изменений, потому что не вписалась в модель отчества — её не переделали в Шегеров, а оставили как есть. Это типично для фамилий иноязычных специалистов, которые не слились с крестьянской средой окончательно.