Фамилия Шемер — редкий случай, когда за основу взято не имя, не профессия и не внешность, а, скорее всего, звукоподражание или прозвище, связанное с речью. В русских говорах глагол «шемерить» означал «говорить невнятно, шепелявить, картавить». Человек с таким дефектом произношения мог получить прозвище Шемера, которое со временем перешло в фамилию. Модель образования простая: бессуффиксная, от основы глагола — как, например, Заика или Гугня.

Версия с иноязычным корнем тоже имеет право на существование, но она менее вероятна для массового бытования в русской среде. В идише «шемер» (שמער) означает «сплетник» или «болтун», а в немецком диалектном «Schämer» — «стыдливый, застенчивый». Однако если фамилия встречается в регионах, где не было компактного еврейского или немецкого населения, объяснение через диалектный русский глагол выглядит убедительнее. Географическая привязка могла бы прояснить картину, но без конкретных данных о распространении остаётся лишь строить догадки.

Отсутствие суффикса (-ов, -ин, -ский) — важная деталь. Такая «голая» форма (Шемер, а не Шемеров) характерна для украинской, белорусской и южнорусской традиции, где фамилии нередко оставляли в виде чистого прозвища. Если бы фамилия оформилась в северных или центральных губерниях, она почти наверняка получила бы типичный русский суффикс. Поэтому можно предположить, что предки носителя фамилии Шемер жили на стыке русских и украинских земель или в среде, где прозвища не русифицировали.

Сравнение с однокоренными фамилиями даёт дополнительный штрих. Шемет, Шеметов, Шемяка — все они восходят к тому же корню «шем-» со значением «неясная, невнятная речь». Шемяка, например, известен по летописному князю Дмитрию Шемяке, чьё прозвище, по одной из версий, тоже связывают с шепелявостью. Так что Шемер стоит в одном ряду с этими старыми русскими прозвищами, уходящими корнями в бытовую наблюдательность: человека называли по тому, что слышали от него или о нём.