Фамилия Шекер — редкий случай в русском ономастиконе, где иноязычная основа не переделана под славянские суффиксы. В ней нет типичного -ов, -ин или -ский, поэтому она сразу выдаёт нерусское происхождение. Чаще всего такую фамилию встречаем у крымских татар, турок, болгар, гагаузов и народов Кавказа. В русском контексте она могла закрепиться через смешанные браки или переселения, но никогда не была массовой.

Корень слова — тюркское «шекер» (сахар). В османском и крымскотатарском языках это прямое заимствование из персидского, где «шекар» означало и сахар, и сладость вообще. Фамилию могли дать по прозвищу: либо кондитеру или торговцу сладостями, либо человеку с приторно-ласковым нравом — «сладкий», «медовый». В некоторых диалектах «шекер» использовали как ласковое обращение к ребёнку или любимой женщине, так что прозвище могло быть и домашним, не связанным с профессией.

Встречается и вторая, менее вероятная версия: связь с еврейской фамилией Шекер, образованной от ивритского «шекер» — ложь, обман. Однако в бытовой ономастике такое значение редко становилось основой для фамилии — скорее это случайное совпадение звучания. Если носитель фамилии — ашкеназский еврей, стоит проверить, не менялось ли написание: например, от Шехтер или Шекерман.

Географически фамилия Шекер сегодня встречается в России нечасто, но заметна в Краснодарском крае и Крыму — регионах с тюркским и крымскотатарским населением. В Болгарии и Турции она распространена шире, но там часто пишется через «ş» — Şeker.

С точки зрения словообразования фамилия устроена просто: основа без суффикса, застывшая в форме нарицательного имени. Такие бессуффиксные фамилии — редкость для великорусской традиции, но норма для тюркских и балканских антропонимиконов. Если предки носили Шекер, они почти наверняка были носителями тюркского языка или жили в зоне его влияния.