Фамилия Шекеря — редкий случай, когда географическое положение и языковая среда дают более надёжную подсказку, чем разбор корня по русским словарям. Основа «шекер» не имеет славянского происхождения, и сразу бросается в глаза её сходство с тюркскими языками, где şeker, шекер, шаккар означают «сахар». В турецком, крымскотатарском, азербайджанском и ряде других тюркских наречий это слово закрепилось из персидского.

Фамилия образована не через привычные русские суффиксы -ов или -ин, а путём чистого заимствования основы и добавления окончания -я, которое в южнорусских и украинских говорах нередко придаёт фамилии форму прозвища или имени в уменьшительно-ласкательном ключе. Шекеря — это, скорее всего, «сахарный» человек, то есть прозвище, данное либо за сладкое и приятное обхождение, либо за профессию — торговца сахаром или сладостями. В тюркской среде прозвища по товару или качеству были обычным делом: Шекер могло быть и личным именем, и уличным прозвищем.

Наиболее вероятный ареал бытования фамилии — Крым, юг Украины, Приазовье или Северный Кавказ, где веками соседствовали русское, украинское и тюркское население. Фамилия могла возникнуть у потомков крымских татар, принявших православие, или у русских переселенцев, перенявших прозвище от соседей. Встречается она крайне редко, и это как раз тот случай, когда фамилия почти не изменила своей исходной формы — её не «обрусели» суффиксами, а оставили почти так, как звучало прозвище.

В русских ономастических справочниках фамилия Шекеря не описана, но её логично сопоставить с более распространёнными однокоренными фамилиями Шекеров, Шекер, Шекерханов. Отличие Шекери в том, что она сохраняет окончание, характерное для украинской или южнорусской модели прозвищ на -я (как Кривошея, Непийвода), что указывает на устную, а не канцелярскую фиксацию.