Фамилия Шекеня — редкая и неоднозначная с точки зрения происхождения. Её основа, скорее всего, не славянская, а тюркская или балтийская, что сразу выделяет её на фоне массовых русских фамилий на -ов и -ин. Чтобы понять, откуда она взялась, нужно разобрать её по составу и посмотреть на географию бытования.

Ключевой элемент фамилии — корень «шек-». В тюркских языках (татарском, башкирском, казахском) слово «шек» или «шеке» может означать «сомнение», «подозрение», а также «щека» или «бок». В балтийских языках (литовском, латышском) «šėkas» — это «пёстрый», «рябой», а суффикс «-еня» (или «-ėnas») — типичный литовский патронимический суффикс, указывающий на принадлежность к роду. Таким образом, фамилия Шекеня могла образоваться от прозвища: тюркского — «Сомневающийся» или «Подозрительный» (человек с характером), либо балтийского — «Рябой» (по внешнему признаку).

Наиболее вероятная версия — литовская. Формант «-еня» характерен для восточно-литовских и белорусских фамилий (сравните: Матуля — Матуленя, Гуда — Гуденя). Если фамилия литовская, то Шекеня — это «сын Шекаса» или «потомок Рябого». В таком случае предок носителя фамилии получил прозвище за пёструю, рябую внешность (веснушки, седину, шрамы) или за пёструю одежду. Тюркская версия менее вероятна, но возможна: в татарской среде прозвище Шеке («Сомнение») могло закрепиться за недоверчивым, осторожным человеком. Фамилия могла попасть в русский язык через смешанные браки или переселение народов.

Географически фамилия Шекеня встречается в основном на западе России — в Смоленской, Брянской, Псковской областях, а также в Беларуси и Литве. Это подтверждает балтийскую гипотезу: регионы, где исторически жили литовцы и белорусы, — естественная зона бытования таких фамилий. В центральной и восточной России она практически не встречается.

Ударение в фамилии чаще всего падает на второй слог — Шеке́ня, хотя в разговорной речи возможен вариант Ше́кеня. Письменных упоминаний фамилии в исторических документах до XX века почти нет — это говорит о её крестьянском, недворянском происхождении. Предки носителей фамилии, скорее всего, были рядовыми земледельцами или ремесленниками, а прозвище давалось по бытовой, понятной всем примете.

Таким образом, фамилия Шекеня — это либо литовское «рябой», либо тюркское «сомневающийся». Первая версия убедительнее из-за географии и типичного суффикса. Если вы носите эту фамилию, ваши корни, вероятнее всего, уходят в западнорусские или литовские земли, а предок получил прозвище за внешность или характер.