Фамилия Шекенёва — женская форма фамилии Шекенёв, и её разбор стоит начать не с корня, а с суффикса, который сразу выдает модель образования. Суффикс -ёв (фонетический вариант -ев после шипящих и мягких согласных) указывает на притяжательное значение: «чей?» — Шекенёв, то есть сын или потомок человека по прозвищу Шекень. Такая модель типична для русских фамилий, образованных от прозвищ или неканонических имён, и распространена в северных и центральных регионах России, где суффикс -ев/-ёв встречается чаще, чем -ин.

Основа «Шекен-» вызывает вопросы. Самый прямой путь — связать её с диалектным словом «шекать» или «шекаться», что в некоторых говорах означало «шепелявить», «говорить невнятно», «заикаться». Тогда Шекень — прозвище человека с дефектом речи. Версия не надуманная: в русских говорах есть глагол «шекать» (от звукоподражательного «шек»), а фамилии с корнем «шек-» (Шекин, Шеков, Шека) фиксируются в ономастических источниках, хотя и не относятся к массовым.

Второй вариант — корень «шек-» как вариант «щек-» (от «щека»). В древнерусском языке чередование «щ/ш» встречалось, и прозвище Щек (или Шек) могло относиться к человеку с заметной щекой — с родинкой, шрамом или просто пухлощёкому. Суффикс -ен- в таком случае уменьшительно-ласкательный: Шекеня — «маленький Щек» или «сын Щека». Эта версия менее убедительна, потому что чередование «щ/ш» в фамилиях обычно даёт формы вроде Щекин, а не Шекенёв, но полностью исключать её нельзя.

Третья, более редкая гипотеза — связь с тюркскими корнями. В татарском и башкирском языках есть слово «шек» (сомнение, подозрение) или «шекен» (шелуха, кожура). Однако фамилия Шекенёва не характерна для татарских родов: у них преобладают фамилии на -ов/-ев без смягчения (Шекенов), а суффикс -ёв с ударением на конце — русская особенность. Поэтому тюркская версия маловероятна, если только предок не был обрусевшим татарином, чью фамилию адаптировали под русскую модель.

В исторических записях фамилия встречается редко, что говорит о её локальном бытовании. Судя по географии современных носителей (в основном Тверская, Ярославская, Вологодская области), Шекенёвы — потомки крестьян или ремесленников из северо-западных русских земель. Сословная принадлежность, скорее всего, была крестьянской или мещанской: дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано.

Итог: фамилия Шекенёва происходит от прозвища Шекень, которое, вероятнее всего, дали человеку с невнятной речью — шепелявому или заике. Это не «красивая» версия, но самая правдоподобная по законам русской антропонимии.