Фамилия Шкенева — женская форма, а мужская, Шкенев, образована с помощью стандартного русского патронимического суффикса -ев. Он присоединялся к основам, оканчивающимся на мягкий согласный или шипящий. В данном случае в основе лежит прозвище или нецерковное имя Шкень.

Корень здесь — «шкен-», который встречается в русских говорах и диалектах крайне редко. Самое вероятное объяснение: прозвище Шкень восходит к глаголу «шкенять» или «шкендылять» — так в некоторых областях (особенно псковских и тверских) называли хромого человека, того, кто прихрамывает или ходит вразвалку. Прозвища по физическим особенностям (Хромец, Косой, Шатун) были обычным делом на Руси, и Шкень могло закрепиться за конкретным человеком, а затем перейти в фамилию его потомков.

Менее вероятная, но не исключённая версия — связь с диалектным словом «шкена» или «шкеня» в значении «щенок». В этом случае прозвище могли дать невысокому или молодому человеку, либо тому, кто суетился, «вился хвостом». Однако у этой гипотезы меньше лингвистической поддержки, так как слово «щенок» в большинстве говоров сохраняет форму с «е», а не с «и».

Фамилия Шкенев (и Шкенева) — довольно редкая. Её географическое ядро, судя по доступным данным, находится на северо-западе России: в Новгородской, Ленинградской и Псковской областях. Это косвенно подтверждает диалектную природу прозвища, так как именно в этих краях «шкендылять» — слово живое и узнаваемое. В более южных или восточных регионах фамилия почти не встречается.

Таким образом, предок носителей этой фамилии, скорее всего, был человеком с заметной хромотой или особой походкой, получившим соответствующее прозвище в своей деревенской общине. Никакого отношения к знатным родам или иностранным корням фамилия не имеет — это типичный пример того, как бытовое, живое слово закрепилось в официальном семейном имени.