Фамилия Шкенина — женская форма, а её мужской вариант — Шкенин. На первый взгляд основа кажется тёмной, но на деле словообразовательная модель прозрачна: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?»), а корень скрывает прозвище или имя предка. Скорее всего, в основе лежит слово «шкень» — так в ряде русских говоров, особенно северных и вологодских, называли щенка. Прозвище Шкень или Шкеня могли дать человеку за внешнее сходство с молодым псом (например, за невысокий рост, суетливость или вертлявость), а иногда — как шутливое обращение к младшему в семье.

Менее вероятная, но допустимая версия связывает фамилию с диалектным глаголом «шкенить» — точить, натачивать, острить. В этом случае Шкеня — прозвище мастера-точильщика или, в переносном смысле, человека с острым языком. Однако в пользу «щенячьей» гипотезы говорит распространённость зооморфных прозвищ в русской антропонимии: Волк, Медведь, Кот, Щенок — такой ряд встречается часто, а вот прозвища от глаголов с корнем «шкен-» фиксируются реже.

Фамилия редкая и территориально привязана к Русскому Северу: наибольшая концентрация носителей Шкениных — в Архангельской и Вологодской областях. Встречается также в Карелии и Коми, что подтверждает северное происхождение. В документах XVII–XVIII веков фамилия не прослеживается — вероятно, она оформилась позже, на рубеже XVIII–XIX столетий, когда крестьянам и мещанам начали массово присваивать фамилии по отцовскому прозвищу.

Однокоренных фамилий мало: Шкенёв, Шкеня, Шкенников. Все они восходят к тому же корню и несут ту же семантику. Если ваш предок носил фамилию Шкенин, он, скорее всего, происходил из крестьянской или ремесленной среды северных губерний, а его далёкий пращур получил прозвище за сходство с маленьким, юрким щенком.