Фамилия Шкендерова — женская форма фамилии Шкендеров, и её происхождение напрямую связано с мужской основой. Сама фамилия Шкендеров имеет довольно прозрачную и необычную для русского уха этимологию: она образована от личного имени или прозвища Шкендер. Это имя — одна из народных, бытовых форм восточного имени Искандер (арабская версия греческого имени Александр, означающего «защитник людей»). В тюркских и кавказских языках, испытавших влияние ислама, имя Искандер часто сокращалось и видоизменялось: Скендер, Шкендер, Эскендер. Таким образом, Шкендер — это не прозвище по профессии или внешности, а адаптированное личное имя, которое в русской среде стало фамилией.

Модель образования типична для русской фамильной системы: к основе Шкендер добавился патронимический суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей?» — сын Шкендера). Женская форма Шкендерова означает «дочь или жена Шкендерова». Фамилия могла появиться в среде, где русское население тесно контактировало с тюркскими или кавказскими народами — например, на Северном Кавказе, в Астраханской губернии или в Закавказье. В таких регионах имя Искандер было распространено, и его местные варианты (Шкендер, Скендер) легко становились основой для русских фамилий у крещёных или обрусевших носителей.

Интересно, что фамилия Шкендеров почти не встречается в центральных и северных областях России — это маркер её южного или восточного происхождения. В отличие от фамилий, образованных от прозвищ (например, Кузнецов или Смирнов), Шкендерова прямо указывает на имя предка. Это не ремесло и не черта характера, а исторический след: где-то в XIX веке жил человек по имени Шкендер, которого в документах записали по отчеству, и эта форма закрепилась за его потомками. Встречающиеся варианты написания с одной «к» (Шкендеров) или с ударением на первый слог не меняют сути — корень остаётся тем же.

С точки зрения словообразования, фамилия стоит в ряду таких же адаптированных восточных имён: Ахметов, Набиев, Ибрагимов. Но Шкендерова выделяется редкостью основы — форма «Шкендер» встречается в русских документах значительно реже, чем «Искандер» или «Александр». Поэтому носительница фамилии может с уверенностью связывать её происхождение не с русским крестьянским прозвищем, а с именем, пришедшим через тюркское или кавказское посредничество от самого Александра Македонского, которого на Востоке почитали как Искандера Зулькарнайна.