Фамилия Шепенёва — женская форма фамилии Шепенёв, и её происхождение напрямую связано с мужским прозвищем Шепень. В русской ономастике это довольно редкий случай, когда основа фамилии не очевидна на первый взгляд и требует лингвистического разбора. Суффикс -ёв указывает на типичную модель образования от прозвищ или имён, оканчивающихся на мягкий согласный или шипящий: Шепень — Шепенёв.

Само слово «шепень» в диалектах русского языка имеет несколько значений, и ключевое из них — «щепка», «заноза» или «стружка». В говорах встречается и форма «щепень» с тем же смыслом. Человек по прозвищу Шепень мог быть либо очень худым, сухощавым, «тонким, как щепка», либо, наоборот, колким, задиристым, «как заноза». Не исключено и бытовое прозвище по роду занятий: так могли называть мастера, работающего с деревом, столяра или плотника, который оставлял после себя много щепы.

Вторая, менее распространённая, но лингвистически возможная версия связывает прозвище с глаголом «шептать». В некоторых говорах «шепень» — это тот, кто говорит шёпотом, тихоня, либо, напротив, сплетник, нашёптывающий. Однако эта гипотеза слабее, так как для обозначения шептуна чаще использовались формы с корнем «шепт-» (Шептун, Шептунов), а форма «шепень» встречается реже и в основном в значении «щепка».

Географически фамилия Шепенёв и её женский вариант Шепенёва тяготеют к северным и центральным регионам России, где диалектное слово «шепень» (щепка) было в ходу. Встречается она нечасто, что говорит о локальном происхождении прозвища. Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Шепенёв стоит в одном ряду с Щепкиным, Щепиным и Щепетковым — все они так или иначе отсылают к дереву, щепе или мелкой стружке.

Таким образом, в основе фамилии Шепенёва лежит не имя, а меткое прозвище, которое предку дали за внешность или профессию. Носительница этой фамилии может с большой вероятностью считать, что её предок был либо худощавым человеком, либо мастеровым, работавшим с деревом.