Фамилия Шепенина — женская форма мужской фамилии Шепенин. Она образована по простой и продуктивной модели: к основе мужской фамилии на -ин добавляется окончание -а, указывающее на принадлежность женщине (дочери или жене Шепенина). Сама же мужская фамилия Шепенин происходит от прозвища или нецерковного имени Шепеня.

Ключ к разгадке — в основе «шепен-». В русских говорах слово «шепень» или «шепеня» имело несколько значений, и все они связаны с характером человека или его манерой поведения. Наиболее вероятное объяснение — «шепень» означало медлительного, вялого человека, того, кто «шепенится» (мешкает, копается). В некоторых диалектах так называли плаксу или нытика, а также неопрятного, неряшливого человека. Встречается и значение «заика», «шепелявый», что напрямую отсылает к дефекту речи. Таким образом, прозвище Шепеня давали человеку с заметной, бросающейся в глаза особенностью: либо он был медлителен и нерасторопен, либо имел проблемы с дикцией.

Словообразовательная модель типична для северных и центральных регионов России. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Шепенин — «сын Шепени» или «человек из рода Шепени». Фамилия недворянская, скорее всего, крестьянская или мещанская, поскольку образована от прозвища, а не от имени святого или географического названия.

Интересно, что фамилия Шепенин не имеет ничего общего со словом «шепот» или глаголом «шептать», хотя по звучанию это кажется очевидным. Корень здесь другой, диалектный, и родственные ему слова — «шепень», «шепениться», «шепотник» (в значении «медлительный человек»), а не «шептать». В псковских и тверских говорах слово «шепень» фиксируется именно в значении «копун», «мешкотный человек».

Встречается и вариант фамилии с ударением на второй слог — Шепе́нина, но более распространено ударение на третий — Шепени́на. Географически фамилия чаще всего встречается в Вологодской, Архангельской, Костромской областях, что подтверждает её северное происхождение.