Фамилия Шепенкова — женская форма фамилии Шепенков, и её происхождение стоит искать в прозвище или имени, от которого образована основа. В отличие от многих фамилий на -ов/-ев, которые восходят к крестильным именам вроде Иван или Пётр, Шепенков явно связан с русским диалектным словом «шепень» или «шепня». В говорах так называли невнятного, шепелявого человека, того, кто говорит «в нос» или картаво. Вероятно, первый носитель фамилии — Шепеня — получил прозвище из-за особенности речи: он шепелявил или пришепётывал. Суффикс -к- в основе (Шепен-к-а) — типичный для русских прозвищ уменьшительно-ласкательный или уничижительный оттенок, как в Сорока — Сорочка, Косой — Косенька. То есть Шепеня — это «тот, кто шепчет или шепелявит», а Шепенко — его сын или потомок.

Модель образования проста: прозвище Шепеня, Шепень → Шепенков — «чей?» — сын Шепени. Фамилия на -ов, а не на -ин, что указывает на основу мужского рода с окончанием на согласный или -а/-я (Шепеня даёт Шепенков, как Кузьма — Кузьмин, но здесь работает другой тип). В русской ономастике фамилии с корнем «шеп-» встречаются нечасто, и Шепенков — один из редких вариантов, не путать с Шепелёвым (от «шепелявый») или Шаповаловым (от «шаповал» — валяльщик шапок). Географически фамилия Шепенкова/Шепенков тяготеет к центральным и северным областям России — там, где сохранились диалектные слова «шепень», «шепня». Встречается также в Белоруссии, где суффикс -енк- (Шепенко) — типичный для украинских и белорусских фамилий, но в русской версии он превратился в -енков.

Есть и вторая, менее вероятная версия: основа могла произойти от глагола «шептать» — тогда Шепеня — это шептун, тот, кто говорит тихо или нашёптывает. Но в таком случае ожидалась бы форма Шептунов или Шепталов, а не Шепенков. Скорее всего, корень именно в дефекте речи, а не в действии. Социальный контекст: фамилия недворянская, крестьянская или мещанская. В документах XVII–XIX веков Шепенковы числились в основном среди государственных крестьян и однодворцев южных губерний, но точных данных о сословной принадлежности по всем ветвям нет. В любом случае, предок современной Шепенковой был человеком с заметной речевой особенностью, которую окружающие закрепили в прозвище, а потомки — в фамилии.