Фамилия Шекерли почти наверняка имеет тюркские корни и связана с восточными сладостями. В её основе лежит тюркское слово «шекер» (şəkər) — «сахар». Это заимствование из персидского, которое в тюркских языках, в том числе в азербайджанском и турецком, означает и сахар, и конфету, и вообще всё сладкое. Суффикс -ли в тюркских языках — показатель обладания, буквально «имеющий сахар» или «сахарный». Таким образом, фамилию Шекерли можно перевести как «сладкий», «сахарный» или «относящийся к сахару».

Вероятнее всего, предок носителя этой фамилии получил прозвище Шекерли не за характер, а за род занятий. В многонациональной Российской империи, особенно в Закавказье, Крыму и на юге России, так могли назвать торговца сладостями, кондитера, человека, торгующего сахаром, или владельца лавки с восточными лакомствами. Сравните с другими фамилиями-профессиями: Балыкчи (рыбак), Куюмджи (ювелир) — модель образования та же: занятие + суффикс принадлежности.

Вторая, менее распространённая версия — топонимическая. В Азербайджане и Турции встречаются небольшие населённые пункты с названием Шекерли или Шекерлиджа. В этом случае фамилия могла указывать на выходца из такого места. Однако, учитывая, что прозвища по профессии давали чаще, чем по мелким деревням, версия с ремеслом выглядит убедительнее.

Фамилия Шекерли — редкая для славянского ареала. В отличие от массовых русских фамилий на -ов/-ев, она сохранила тюркскую модель словообразования без русификации. Это указывает на то, что её носители, скорее всего, были азербайджанцами, турками, крымскими татарами или представителями других тюркских народов, которые в какой-то момент оказались в русскоязычной среде и сохранили фамилию в исходной форме. Встречается она преимущественно на Северном Кавказе, в Закавказье и в крупных городах России, куда переселялись выходцы из этих регионов.