Фамилия Шегердюков — редкий случай, когда основа, на первый взгляд, не поддаётся привычной славянской логике. В ней нет очевидного корня, связанного с ремеслом или крестильным именем. Ключ к разгадке лежит в суффиксе -юк-: он характерен для украинской и белорусской ономастики и указывает на потомка или принадлежность к роду (ср. Ковальчук, Бондарюк). Таким образом, «Шегердюк» — это исходное прозвище или имя, к которому позднее добавился русский патронимический суффикс -ов, адаптировавший фамилию под великорусскую модель. То есть носитель фамилии — потомок человека по прозвищу Шегердюк.

Самая непростая часть — этимология основы «Шегерд». Здесь возможны два пути. Первый: это сложносоставное прозвище, где первая часть «шег-» может восходить к диалектному «шега» (насмешка, шутка) или «шеголь» (щеголь, франт), а вторая часть «-ерд» — к тюркскому «ерт» (земля, место). В таком случае прозвище могло означать «франт на своей земле» или «местный шутник». Вторая версия более прозаична и связана с географией: «Шегерд» — это искажённая фамилия немецкого или прибалтийского происхождения (например, Шегердт, от немецкого Schäfer — пастух), которую на русской почве переделали в уменьшительную форму Шегердюк, а затем и в Шегердюков. Такое нередко случалось с переселенцами, которых записывали «на слух».

Если принять версию о немецком корне, то предок Шегердюковых мог быть пастухом или овцеводом (Schäfer). Если же исходить из славянской модели, то речь идёт о человеке с яркой внешностью или характером — щёголе или балагуре. Суффикс -юк подсказывает, что фамилия сложилась на юго-западе России, в землях современной Украины или Белоруссии, а затем вместе с носителями «обрусела» и получила окончание -ов, когда семья перебралась в центральные или северные губернии.

Фамилия крайне редкая. В дореволюционных метрических книгах она почти не встречается, что говорит об узком ареале бытования или о позднем оформлении (возможно, в XIX веке, когда крестьянам массово давали фамилии по прозвищам). Поиск по современным базам данных показывает единичные случаи в Сибири и на Урале — туда носители могли попасть в ходе переселенческих волн. Споров о значении немного: лингвисты склоняются к версии о заимствованной основе, переработанной славянскими суффиксами.