Фамилия Шегян — редкий для русского уха случай, и её происхождение лежит за пределами привычной восточнославянской модели. Это типичная армянская фамилия, образованная по классической для армянского языка схеме: к основе добавляется суффикс -ян, указывающий на принадлежность к роду. Если переводить буквально, Шегян — «из рода Шега» или «потомок Шега».

Основа фамилии — личное имя или прозвище Шег. В армянском языке слово «шег» (շեղ) означает «косой», «наклонный», «кривой». Скорее всего, прозвище Шег давали человеку с характерной внешностью — например, с косоглазием, сутулостью или походкой вразвалку. Не исключён и переносный смысл: так могли назвать хитрого, уклончивого человека, который «ходит окольными путями». В армянской ономастике прозвища, описывающие физические недостатки или особенности поведения, давали часто и без обидного оттенка — просто как отличительный признак.

Встречается и другая, менее распространённая версия: фамилия могла возникнуть от названия местности или села Шег, но документальных подтверждений такого топонима в исторических областях Армении мало. Версия с прозвищем выглядит убедительнее.

По суффиксу можно определить, что фамилия сформировалась в поздний период — в XIX–XX веках, когда армянские фамилии на -ян стали массово закрепляться в Российской империи. До этого армяне часто обходились без фамилий, используя отчества или прозвища. Носители фамилии Шегян, вероятно, происходят из Западной Армении (историческая территория на востоке современной Турции) или из регионов, где армянское население было рассеяно после геноцида 1915 года.

В русском языке фамилия не склоняется, если принадлежит мужчине (Иван Шегян), но женский вариант (Анна Шегян) остаётся неизменным. В самой Армении фамилия встречается нечасто — это не массовая, а довольно локальная фамилия, что делает её особенно ценной для генеалогического поиска.