Фамилия Шегентаева звучит необычно для русского уха, и это не случайно. Скорее всего, перед нами не исконно русская фамилия, а русифицированная форма тюркской или кавказской фамилии. В основе почти наверняка лежит личное имя или прозвище Шегентай (или Шогентай), которое образовано по распространённой в тюркских языках модели с аффиксом -тай/-гентай. Этот суффикс часто придавал имени значение обладания качеством или уменьшительно-ласкательный оттенок (сравните с именами Каратай, Алтай, Бурунтай).

Корень слова, скорее всего, восходит к тюркскому «шеген» или «чоген». В разных тюркских языках «шеген» может означать «колючка», «терновник», а также «молодой верблюжонок» (в казахском и киргизском). Есть и другая версия: «шеген» — это «потомок, родственник» (от арабского «шаджара» — дерево, родословная), но она менее вероятна для прозвища. Таким образом, Шегентай могло быть прозвищем цепкого, колючего человека, либо, что встречается чаще в кочевых культурах, человека, связанного с верблюдами (например, пастуха или владельца молодых верблюдов).

Окончание -ева однозначно указывает на то, что фамилия была адаптирована русским языком: это притяжательный суффикс, означающий «дочь Шегентая» или «жена Шегентаева». Фамилия Шегентаева — женская форма, мужская будет Шегентаев. Географически фамилия тяготеет к регионам Поволжья (Татарстан, Башкортостан) и Северного Кавказа, где распространены тюркские языки. Встречается она редко, что говорит о её локальном происхождении — возможно, от названия конкретного рода или аула.

В отличие от фамилий на -ов/-ев, образованных от крестильных имён, Шегентаева сохранила память о дохристианском, языческом по сути прозвище. Предок носительницы этой фамилии, вероятно, был не крещёным, а мусульманином или придерживался традиционных верований, и его имя или прозвище закрепилось за потомками уже в русской документации (например, при переписях или в ревизских сказках). Это типичный пример того, как русская фамильная модель наложилась на иноязычную основу, создав уникальный антропоним.