Фамилия Шеиченко — редкий случай, когда в основе лежит не имя, не профессия, а анатомическая деталь. Корень здесь — «шея», а суффикс «-енко» (украинский патронимический, указывающий на потомка) говорит о том, что фамилию дали человеку по прозвищу отца: Шея или Шейка. Прозвище могло привязаться к человеку с длинной, тонкой или, наоборот, короткой и мощной шеей — в народе такие особенности не упускали.

Однако есть и вторая, менее очевидная версия. В некоторых говорах «шея» имела переносное значение — так могли назвать упрямца, человека с «крутой шеей», то есть несговорчивого. Встречается и вариант, что прозвище Шея давали тому, кто любил выпить (по аналогии с «заливать за шею»), но эта гипотеза менее надёжна из-за слабой документальной базы.

Словообразовательная модель типична для восточной Украины: суффикс «-енко» массово закрепился в казацкой среде в XVI–XVII веках. Шеиченко буквально означает «маленький Шея» или «сын Шеи». В отличие от фамилий с суффиксом «-ов» (Шеин, Шейников), которые встречаются в северных и центральных русских землях, форма на «-енко» — маркер южного происхождения, скорее всего, из Полтавской, Черниговской или Киевской губерний.

Интересно, что фамилия не получила широкого распространения. Она не вошла в списки массовых украинских фамилий, и её носители — это, как правило, потомки одного или нескольких локальных родов. Встречаются также варианты написания: Шеиченко, Шеиченко (с ударением на второй или третий слог), что связано с разными диалектными произносительными нормами.

Сословного барьера у Шеиченко не было: фамилия встречалась и среди крестьян, и среди казаков. Никаких дворянских корней или известных исторических личностей с такой фамилией не зафиксировано — это типичная «народная» фамилия, которая говорит не о знатности, а о меткой наблюдательности предков.