Фамилия Шейниченко звучит на украинский лад, и это первый ключ к её происхождению. Модель образования здесь — суффикс -енко, который в XVI–XVII веках был главным маркером украинской фамилии. Первоначально он означал «маленький» или «сын»: Шейниченко — буквально «сын Шейника» или «маленький Шейник».

Основа фамилии — Шейник. Это слово в восточнославянских говорах имело два основных значения. Первое — профессиональное: так могли называть мастера, который шил воротники (шейную часть одежды). Второе — прозвищное, по внешней примете: человек с длинной или тонкой шеей, либо тот, кто носил особый воротник. В украинском языке «шийник» — это и ошейник, и ворот рубахи, и даже часть упряжи. Таким образом, предок Шейниченко мог быть портным, скорняком, либо просто получить уличное прозвище по характерной детали внешности.

Интересная деталь: фамилия Шейниченко — не просто «сын Шейного», а именно «сын Шейника». Это указывает на то, что прозвище или профессия уже успели закрепиться за отцом как постоянное именование. Иными словами, первого носителя фамилии в документах записали как сына того самого Шейника, который шил воротники или имел приметную шею.

В отличие от более распространённых фамилий на -енко (Шевченко, Коваленко), Шейниченко встречается редко. Географически она тяготеет к центральным и восточным областям Украины (Полтавщина, Черкащина, Сумщина), откуда вместе с миграциями XIX–XX веков попала на Кубань, в Крым и в южные регионы России. В списках запорожских казаков и реестрах Гетманщины подобные фамилии на -енко фиксируются с середины XVII века, так что родословная Шейниченко может уходить в те времена.

В русском языке фамилия не склонялась бы, если бы не ударение: Шейниченко обычно произносят с ударением на второй слог (Шей-нИ-ченко), что соответствует украинской акцентной норме. В документах XIX века могли встречаться варианты написания: Шейниченко, Шейниченко, а также Шейниченков (при русификации на Кубани). Но основная форма осталась неизменной — как и большинство украинских фамилий на -енко, она не склоняется по падежам в мужском и женском варианте.