Фамилия Шекемов — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. Если отбросить случайные поздние переосмысления, наиболее вероятно, что в её основе лежит тюркское прозвище или имя. Суффикс -ов указывает на русскую модель образования: так закрепили фамилию за потомками человека по имени или прозвищу Шекем.

Что могло значить это слово? В тюркских языках (татарском, башкирском, казахском) основа «шекем» или «шэкем» имеет несколько значений. Во-первых, это диалектное название растения — щавеля. Прозвище Щавель могли дать человеку с кислым, въедливым характером или тому, кто торговал зеленью. Во-вторых, у слова есть значение «терпение» или «выносливость» (от арабского «сабр» через тюркское посредничество). В этом случае Шекем — пожелательное имя, которое давали ребёнку в надежде, что он вырастет терпеливым и стойким. В-третьих, не исключена связь с тюркским «шек» — «край, предел», тогда Шекем могло означать «мой край» или быть прозвищем человека с окраины села.

Менее убедительна, но возможна версия от русского диалектного глагола «шекать» — «бить, хлестать» или «говорить резко, отрывисто». В таком случае Шекем — вариант прозвища Шека, а фамилия образована через притяжательное прилагательное (Шекемов — «чей?» — «сын Шекема»). Однако эта версия слабее тюркской: фамилия почти не встречается в центральных русских регионах, зато фиксируется в Поволжье и на Урале, где тюрко-славянские контакты были обычны.

Словообразовательная модель проста: к основе Шекем приращён стандартный русский суффикс -ов, который в XIX веке стал универсальным для оформления фамилий независимо от сословия. Судя по географии и корню, предки носителя фамилии Шекемов с высокой вероятностью жили в зоне татаро-русского пограничья и могли быть крестьянами, мещанами или служилыми людьми, принявшими фамилию по отцовскому прозвищу. Дворянских родов с такой фамилией в известных родословных книгах не значится — это указывает на простые сословные корни.