Фамилия Шехунов образована по одной из самых распространённых в русской ономастике моделей: к основе, в данном случае прозвищу Шехун, добавили притяжательный суффикс -ов, указав на принадлежность «сын Шехуна». Редкость фамилии — в самой основе. Слово «шехун» не встречается в современных словарях русского литературного языка, и его значение приходится восстанавливать через говоры и исторические источники.

Наиболее вероятная версия связывает «шехун» с диалектным глаголом «шехать» или «шихать». В ряде южнорусских и западных говоров (например, смоленских, брянских) «шехать» означало «шататься, бродить без дела», «бить баклуши», а также «гнать, понукать лошадь». Соответственно, Шехун — либо прозвище праздного человека, лентяя, либо, напротив, того, кто погонял лошадей, то есть возчика или ямщика. Вторая трактовка подтверждается тем, что в тех же говорах «шехнуть» — «ударить кнутом». Таким образом, предок Шехуновых мог быть либо нерадивым работником, либо человеком, чья работа была связана с лошадьми и дорогой.

Менее убедительна версия о связи с тюркским корнем «шах» (царь, правитель) через форму «шахун» или «шехун». Для фамилий с очевидной славянской моделью на -ун (ср. Бегун, Крикун, Молчун) тюркское заимствование маловероятно, если только предок не был прозван так за внешнее сходство или поведение, напоминавшее, по мнению окружающих, «восточного владыку». Но это скорее народная этимология, чем научная гипотеза.

Интересна география фамилии. Шехуновы встречаются в основном на юге России — в Ростовской области, Краснодарском крае, а также в Центральном Черноземье. Это косвенно подтверждает южнорусское диалектное происхождение основы. Встречается и вариант написания Шиханов, который мог возникнуть из-за аканья (произношение «и» как «е») или как самостоятельная фамилия от «шихан» — курган, холм, что характерно для волжских и уральских говоров, но для Шехунова этот вариант менее типичен.

Фамилия Шехунов не принадлежала к дворянским родам и не попала в «Бархатную книгу». Её носители — скорее всего, крестьяне или однодворцы из южных губерний, где прозвища на -ун были особенно популярны. Словообразовательный тип с суффиксом -ун указывает на то, что прозвище давали по яркому действию или характерной черте, которая бросалась в глаза односельчанам.