Фамилия Шекота — довольно редкая и сразу обращает на себя внимание необычным окончанием. В русской ономастике фамилии на -ота чаще всего образованы от прозвищ или глагольных форм, и Шекота здесь не исключение. Основа фамилии — «шекотать», что в южнорусских и украинских говорах означает «щекотать». Человек, получивший такое прозвище, мог быть шутником, балагуром или, наоборот, отличаться обидчивостью — той самой «щекотливостью» в переносном смысле, когда не знаешь, с какого бока к нему подойти.

Фамилия не имеет типичного патронимического суффикса (-ов, -ев, -ин), что указывает на её прозвищное происхождение. В среде крестьян и казаков подобные «глагольные» фамилии закреплялись без изменений: Шекота, Шепта, Чухра. Окончание -а здесь не женский род, а признак того, что фамилия застыла в форме прозвища. Если бы фамилия была образована с помощью суффикса принадлежности, мы бы имели Шекотов или Шекотин.

Географически фамилия тяготеет к юго-западным областям России и Украины. Встречается в старых списках казаков Запорожья и Черниговщины, а также в Белоруссии. В словаре украинских фамилий Ю. Редько указывается, что «шекотати» — диалектный вариант общеславянского корня, и фамилия Шекота могла возникнуть именно в среде, где этот глагол был в ходу.

Есть и менее очевидная версия, которую упоминают некоторые исследователи: связь с польским «szekotać» — «болтать, трещать без умолку». В этом случае прозвище могло достаться говорливому человеку. Однако эта гипотеза слабее, так как польское влияние на русские фамилии чаще даёт формы на -ский или -евич, а не чистую глагольную основу. Более правдоподобно считать Шекоту именно «щекотливым» прозвищем из украинского или южнорусского говора.

Таким образом, предок с фамилией Шекота, скорее всего, жил на юге или юго-западе, и его прозвали за характер — либо за весёлый нрав, либо за обидчивость и нежелание, чтобы его «трогали». Фамилия сохранила живую народную речь и не подверглась стандартной русификации с суффиксами, что делает её особенно ценной для историков языка.