Фамилия Шепота — редкий случай, когда прозвище, скорее всего, не описывало громкого крикуна или задиру, а наоборот, человека тихого. В основе лежит глагол «шептать» или существительное «шёпот». Прямое значение прозвища — «тот, кто говорит шёпотом», «тихоня». Однако в говорах у слова «шепот» были и переносные смыслы: так могли назвать сплетника, человека, который постоянно шепчется за спиной, или даже колдуна, заговаривающего болезнь «шёпотом» (отсюда «шептун»).

Словообразовательная модель нестандартна. Фамилия застыла в форме именительного падежа единственного числа, без патронимического суффикса (-ов, -ин). Такие «чистые» фамилии в русской среде встречаются нечасто. Чаще всего они либо украинского происхождения, либо образованы от прозвищ, которые сами по себе звучали как фамилия (например, Шепота, Шептун). В украинском языке слово «шепот» может выступать как прозвище с тем же значением, а окончание -а типично для украинских фамилий (ср. Шевченко — без суффикса, но с изменяемой формой).

Географически фамилия тяготеет к южнорусским и украинским регионам. Встречается на Кубани, в Ростовской области, в центральной Украине. В северных и сибирских областях она практически не фиксируется. Это косвенно подтверждает версию о южнорусском или малороссийском корне.

В отличие от более частых фамилий Шептунов или Шепталов, Шепота — редкая форма. Она не даёт сословной привязки: носителем мог быть и крестьянин, и мещанин, и казак. Прозвище не указывало на ремесло, а описывало манеру поведения или особенность речи предка.