Фамилия Шепотыненко — яркий пример украинской модели фамилий на -енко, которая в XVII–XVIII веках стала доминирующей на Левобережной и Слободской Украине. Суффикс -енко исторически означал «маленький», «сын» или «потомок». То есть Шепотыненко — это буквально «сын Шепотына» или «потомок Шепоты». Основа «Шепот» или «Шепотын» — прозвище, которое могло закрепиться за человеком по двум основным причинам: либо он говорил очень тихо, шепотом, либо, напротив, его прозвали так иронично — за громкий голос. В народной ономастике такие контрастные прозвища встречаются часто.

Версия с украинским корнем «шепот» — самая прямая и правдоподобная. Однако есть и более редкая гипотеза: происхождение от диалектного слова «шепоть» — так в некоторых говорах называли щепотку соли или табака. Человек, носивший прозвище Шепоть, мог быть, например, торговцем солью или иметь привычку постоянно что-то сыпать. В таком случае Шепотыненко означало бы «сын Шепоти», а форма с -ын- возникла как промежуточное патронимическое образование: Шепоть → Шепотын (чей?) → Шепотыненко.

Географически фамилия Шепотыненко привязана к центральным и восточным областям Украины (Полтавщина, Черкащина, Сумщина), откуда в XIX веке началось переселение на Кубань и в южные губернии Российской империи. В метрических книгах XIX века носители фамилии встречаются в основном среди крестьян и казаков — суффикс -енко в ту эпоху не указывал на дворянское происхождение, а был универсальным для всех сословий. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые в России часто давали по отцу-крестьянину, украинские фамилии на -енко сохраняли прямую связь с прозвищем или именем родоначальника.

Сравнение с однокоренными фамилиями (Шепотов, Шепотенко, Шепотюк) показывает, что в основе везде лежит то же прозвище, но разные суффиксы фиксируют региональные особенности: -ов — обрусевшая форма, -юк — волынско-полесский вариант. Шепотыненко осталось в «чистой» украинской форме, что делает фамилию хорошим маркером происхождения из казацкой или крестьянской среды Центральной Украины.